一直以来，敬文书院以培养研究型、国际化、高素质创新人才为目标，依托敬文书院跨学科学研中心这一学科交叉平台，以及书院专供学生赛事集训、创意研讨的实体空间，创建了以“交叉（Interdisciplinary）、探究（Inquiry）、 创新（Innovation）”为特色的“3I工程”，并将其建设成为多元协同创新中心。
“3I工程”面向全校学生实施SCLL四大核心计划，即科技人文融通计划、生涯发展辅导计划、领导力培育计划和联动协同计划，同时打造凸显学科交叉特色的大学生创新创业教育“金字塔”培养体系：即依托导师制开展“全程全员导学”，开展整合性教育课程，顶层设计学生 “分层递进项目”，实现学校、企业、学生多方互动，推动学生创新创业实践，实现多元协同创新。
依托敬文讲堂和第二外语等特色课程，敬文书院搭建了不同领域、不同专业的顶尖学者教授与广大书院学生之间的联动桥梁，并通过开设文化审美、创新探索等系列精品课程开拓学生视野、丰富学生知识、提高学生综合素质，受到了学校、社会、老师、学生的一致好评。
此外，书院开创了特色导师制度，拥有以一批入选省部级及以上人才计划的中青年学术骨干为主组成的学业导师队伍，形成了一个从多方面服务于学生的优秀导师群体。同时，书院通过定期组织师生共膳、导师答疑等活动，加强师生、生生沟通与联系，营造了浓厚的学术氛围。
书院构建并实施了融导师制、线上线下联动课程、“3I工程”、创意大赛、创业计划五大元素为一体的创新创业金字塔体系。得益于此，书院累计共有500余人次成功申报以苏州大学“莙政学者”为龙头的各类学术科研基金资助项目；有200余人次参与国家级、省级大学生创新创业训练计划；400余人次在国家级、省级的创业计划大赛和学科竞赛中获奖；180余人在省级以上学术刊物发表研究成果，其中包括SCI一区top、EI、ISTP和国家级学术刊物论文。
书院将继续依托“3I工程”多元协同创新中心，为书院学子提供更系统、更全面的指导与帮助，为培养研究型、国际化、高素质创新人才而不懈奋斗。